O Museu Nacional do Azulejo tem por missão recolher, conservar, estudar e divulgar exemplares representativos da evolução da Cerâmica e do Azulejo em Portugal, promovendo as boas práticas de Inventariação, Documentação, Investigação, Classificação, Divulgação, Conservação e Restauro da Cerâmica e, muito em especial, do Azulejo. Integra também a missão do MNAz a salvaguarda patrimonial da igreja e dos demais espaços do antigo Mosteiro da Madre de Deus.
 
O MNAz procura constituir-se como referência nacional e internacional, seja pela especificidade das suas colecções e dos seus espaços musealizados, seja pela excelência dos conhecimentos que lhe compete produzir e apoiar.

O Centro das suas actividades é a Cerâmica de Revestimento, pelo que deve constituir-se como entidade de referência e apoio à formação académica e profissional, à investigação científica e tecnológica nas áreas da cerâmica de revestimento, cabendo-lhe apoiar as entidades públicas e privadas que tutelam patrimónios construídos com revestimentos cerâmicos, por todo o país.

Através das suas actividades, o museu dá a conhecer a história do Azulejo em Portugal procurando chamar a atenção da sociedade para a necessidade e importância da protecção daquela que é a expressão artística diferenciadora da cultura portuguesa no mundo: o Azulejo.